Tous les deux cent ans, Hadès sort de sa torpeur pour étendre l'expansion de son pouvoir sur Terre, à l'aide de son armée des 108 Spectres. Les Saints ("les Chevaliers d'Athéna"), guidés par la déesse Athéna, s'opposent au maître des Enfers pour alors entamer une bataille qui décidera du sort de la Terre...
L'histoire, parallèle et antérieure à celle des Chevaliers du Zodiaque, débute dans un petit village, autour de deux amis : Tenma, qui se révèle être l'incarnation du Chevalier de Pégase, et Alone, un enfant dont l'âme pure le destine à être choisi pour devenir le réceptacle mortel d'Hadès...