Cette saison est divisée en 2 parties bien distinctes avec des ennemis différents. De nouveaux ennemis apparaissent et nos 5 guerrières répondent encore une fois à l'appel afin de maintenir la paix sur Terre.
Dans la première partie, Ali et Ann font leur apparition. Ce sont deux extra-terrestres qui sont venus sur Terre collecter l'énergie des humains afin de sauver l'arbre qui avait créé la vie sur leur planète maintenant détruite. Ils se font passer pour deux étudiants ordinaire et font la connaissance d'Usagi et de Mamoru et pour la première fois, ils découvrirent des sentiments tels que l'amour et la jalousie...
Dans cette partie, le personnage du Chevalier du Clair de Lune apparait, qui est en fait le subconscient de Mamoru.
La deuxième partie commence dans le futur où Usagi et Mamoru se sont mariés et ont eu une petite fille prénommée Chibi-Usa. Un jour, le prince Diamant et son armée attaquent la Terre mais ils sont repoussée et sont obligés de s'exiler sur une planète appelée Némésis. Celle-ci leur confère de nouveaux pouvoirs qui leur permet alors de retourner affronté Usagi, qui est maintenant Néo-Queen Serenity. Il réussissent à l'emprisonner dans un cristal en la plongeant dans un profond sommeil. Chibi-Usa réussit à s'échapper avec l'aide de Sailor Pluton et attérit dans le présent. Elle demande de l'aide aux Sailors afin de sauver la Terre de son époque ainsi que sa mère (en ignorant qu'Usagi est en réalité sa future mère). Les Sailors doivent alors faire face à Rubeus et ses sbyres, Koan, Berthier, Calaveras et Petz, venus sur Terre pour tuer Chibi-Usa.
