The End of Evangelion est un film divisé en deux parties (Episode 25': Love is Destructive et Episode 26': ONE MORE FINAL: I need you) proposant une version des épisodes 25 et 26 de Neon Genesis Evangelion, épisodes finaux de la série qui ont suscité de nombreuses réactions de mécontentement chez les fans.
En réalité, The End of Evangelion est la véritable fin que Hideaki Anno avait prévu pour la série.
Jugée cependant trop extrême par TV Tokyo, chaine sur laquelle était diffusée Neon Genesis Evangelion, Hideaki Anno fut dans l'obligation de créer une nouvelle fin.
Alors que la Nerv, dernier rempart contre les Anges, est assaillie par les militaires envoyés par la Seele qui massacrent tout sur leur passage, Asuka mène un combat sans merci face aux neuf EVA de nouvelle génération. Le monde se prépare à subir le Third Impact.
Quelle est la véritable nature du plan de Complémentarité de l'Homme ? Qui sont réellement les Anges ? Quel but poursuit la Nerv ? Est-ce la fin de l'humanité telle que nous la connaissions ?