L'histoire se déroule plusieurs années après les événements de la première saison. Cette suite sera diffusée sous forme de film au Japon et sous forme d'OAV de 6 épisodes en Occident. Le premier épisode est prévu pour le 2 juin 2018 en Occident.
Alors que la guerre fait toujours rage entre Medical Mechanica et Fraternity, Haruko est de retour sur Terre. Nommée professeur dans un établissement scolaire, elle y fait la connaissance d'Hidomi, une adolescente dissimulant un étrange secret.