"Vandread : the second stage" est la deuxième saison de Vandread. Dans cette saison, Hibiki Tokai et le reste de l'équipage du Nirvana sont confronté à de nouveaux mystérieux ennemis qui détruisent tout dans leurs sillage. L'équipage du Nirvana décide donc d'enquêter sur ces mystérieuses créature afin de pouvoir les stopper. Pendant leurs voyages dans l'espace, l'équipage du Nirvana sauve une jeune fille mystérieuse nomée Misty qui est une survivante terrienne. Cette jeune fille est totalement dingue d'Hibiki et est prête à rendre la vie dure à Dita.