Après avoir découvert que les Neuroi sont capables de communiquer avec les humains, la paix reviens. L'escadron des Witches est alors dissous.
Mais, quelque temps après cela, un nid massif de Neuroi apparait et lance des attaques soudaines sur l'Europe.
Au même moment, Yoshika Miyafuji reçois une lettre de son défunt père. Voulant en comprendre le sens, elle retrouve le capitaine Mio Sakamoto.
C'est à ce moment là qu'elle apprend la nouvelle attaque ennemie.
Ne pouvant laisser ses amies combattre seules, Miyafuji décide de reprendre du service.
Voici la suite des Strikes Witches à l'aube d'une nouvelle guerre, contre un ennemi toujours plus virulent...
