Il s'agit de l'adaptation en série télévisée des films Space Battleship Yamato 2202: Ai no Senshi-tachi.
Trois ans se sont écoulés depuis la fin de la guerre contre les Gamilas, le système solaire connaît dorénavant la paix et la prospérité de nouveau. Grâce au Cosmo Reverse System de Starsha Iscandar la Terre est retournée à son état d'origine sans dommage.
La Terre et Gamilas décident d'unir leurs forces pour former une coalition militaire intergalactique, cette nouvelle puissance militaire retrouvée est symbolisée par la création du navire amiral de la Fédération terrienne l'Andromeda.
Toutefois l'apparition d'une nouvelle menace représentée par l'Empire Gatlantis, risque de mettre la galaxie en péril. Au prix de terribles pertes la coalition parvient à maintenir l'ennemi à distance.
C'est alors que Teresa, mystérieuse femme aux pouvoirs psychiques, appelle télépathiquement l'équipage du Yamato pour les supplier de sauver le monde.
Le, récemment promu, commandant Kodai et son équipage devront reprendre du service et sauver la Voie Lactée, quitte à passer pour des criminels aux yeux de la Fédération et de la coalition.
