L'histoire se déroule 14 ans après les événements de Sakura Taisen.Tokyo, ère Taisho.
Bien que la menace des Démons se soit estompée, l'unité Hanagumi a été maintenue et continue d'accomplir sa mission, que cela soit sur scène ou à bord des Kôbu. Mais alors que tout semble aller pour le mieux, un membre de l'équipe, Seijûrô Kamiyama, ramène la petite Clara d'une de ses missions. La petite fille, seule survivante d'un crash, semble être la cible de deux factions que tout oppose.
