Noir raconte l'histoire de deux tueuses à gages : Mireille Bouquet, une jeune femme d'origine Corse dont les parents et le frère ont été tués il y a plusieurs année par un mystérieux assassin, et Kirika Yuumura, une jeune fille amnésique maniant les armes à feu à la perfection. Tout commence à Paris où vit Mireille Bouquet, une tueuse à gages très réputée dans le milieu. Un jour, elle reçoit un email d'une lycéenne japonaise : Kirika Yuumura, lui demandant d'effectuer un "pèlerinage vers le passée" avec elle. Mireille prend l'email à la légère jusqu'a ce qu'une étrange mélodie familière en sorte. Ainsi, elle se rend alors au Japon pour retrouver Kirika. A peine le contact entre nos deux héroïnes se fait qu'elles se font attaquer par un groupe de tueurs. Kirika se débarrasse sans mal d'eux et Mireille découvre alors les talents de tueuse de la jeune fille. Toutes deux vont alors faire équipe à la demande de Kirika en tant que tueuses professionnelles sous nom de code NOIR. Elles parcourent ainsi le monde pour effectuer diverses missions et en même temps trouver des réponses sur leurs passés qui semblent liés.
