La trame scénaristique de ce long-métrage ne se focalise nullement sur les deux jeux Ni no Kuni parus en 2013 et 2018. En effet, l'histoire de ce film d'animation demeure originale et se focalise entre autres sur les aventures d'un groupe d'adolescents qui a miraculeusement atterri dans le monde de Ni no Kuni.Ni No Kuni narre les péripéties de trois lycéens, Yu, Haru et Kotona, qui se retrouvent transportés dans le monde fantastique de Ni no Kuni. Leur arrivée dans ce monde onirique et enchanteur n'est pas due au hasard, et nos héros vont devoir percer les nombreux mystères nimbant le monde de Ni no Kuni. Yu, Haru et Kotona vont dès lors être amenés à réaliser de nombreux allers-retours entre cet univers et la réalité. Un prix qui sera toutefois lourd à payer pour Kotona dont la vie sera mise en danger...Yu et Haru sont bien décidés à la sauver, mais ce sauvetage les poussera malheureusement à réaliser un choix cornélien aux conséquences dramatiques...
