Un jeune homme, Tatsuhiro Satô, a la particularité d'être un hikikomori (ces jeunes japonais qui s'enferment chez eux sans jamais sortir, préférant l'isolement total à la vie en société) depuis 3 ans. Pendant ce temps il réfléchit à tous ces échecs et en déduit que toutes ces années perdues sont dues a une conspiration menée par la chaîne de TV nationale, la NHK (Nihon Hôsô Kyôkai que Satô transforme en Nihon Hikikomori Kyôkai), dont le but serait de générer plein de hikikomori dans la société japonaise...
Mais un jour, il rencontra une jeune fille Misaki Nakahara, qui veut l'aider à sortir de son état de hikikomori et l'enrôle au sein de son mystérieux "projet"...
Plus tard, il découvre que son voisin de palier n'est autre qu'un ancien copain de classe, et décide de réaliser un eroge, un jeu vidéo érotique, avec lui. S'en suit une plongée mal contrôlée dans le moé, les lolicon ou les suicides collectifs, avec pour seule bouée la présence de Misaki.
