Negi Springfield, dix ans, vient de terminer sept ans d'études de magie. Afin de devenir magicien accompli, il est envoyé au Japon pour être professeur d'anglais dans une classe du collège Mahora.
À son arrivée sur le campus, il a un accrochage avec Asuna Kagurazaka, une de ses élèves, chez qui par décision du proviseur il va loger temporairement, et qui par-dessus tout découvre rapidement qu'il est magicien.
Il va également découvrir qu'être professeur d'une classe de filles n'est pas de tout repos...
Negima?! est la seconde adaptation du manga Negima!de Ken Akamatsu avec un staff neuf et différent de celui qui s'occupait de la première saison.
