Nagi no Asukara nous entraine dans la vie de cinq adolescents : Hikari Sakishima, Manaka Mukaido, Chisaki Hiradaira, Kaname Isaki et Tsumugu Kihara.
Dans ce monde, certains humains, depuis leur naissance, possèdent une capacité surnaturelle appelée : Ena. Cette capacité leur permettent de respirer et de vivre sous l'eau. Hormis Tsumugu, nos protagonistes étudient tous dans le même collège, mais pas n'importe lequel... un collège situé dans le village de Shioshishio, un village se trouvant au fin fond des mers.
Cependant, suite à diverses raisons, ce dernier ferme et ils se trouvent contraints de rejoindre un autre collège situé à la surface. Malheureusement, les relations entre le peuple terrestre et maritime sont parfois un peu tendues.
L'histoire nous entraine donc dans leur lutte afin de s'intégrer dans leur nouvel environnement, tout en cherchant à trouver leur place parmi les relations difficiles et complexes entre les deux peuples...
