Basé sur le roman Lord El-Melloi II-sei no Jikenbo de Sanda Makoto. La première partie de l'anime est une histoire originale et la deuxième adapte de l'arc "Rail Zeppelin" du roman.
L'histoire nous entraine dans le quotidien de Waver Velvet, ayant obtenu le titre Lord El-Melloi II, et de sa disciple nommée Gray.
Plusieurs années après avoir combattu aux côtés d'Iskandar durant la 4ème Guerre du Saint-Graal, Waver hérite donc de la classe El-Melloi dont il devient le professeur.
Tout en devant rembourser les dettes de la faction El-Melloi, il va devoir résoudre de nombreuses affaires en lien avec la magie.
