Dans une autre dimension, le Japon est souvent attaqué pour sa beauté que tout les autres pays veulent conquérir. Des divinités gardiennes protègent alors cette splendeur des autre pays jaloux.
A une époque où le Shogunat de Togukawa est au pouvoir et où la technologie actuelle existe, Yagyuu Muneakira, nôtre héros, va pour rejoindre la Buou Gakuen Juku, une académie que seuls les enfants de soldats peuvent intégrer. Les étudiants reçoivent une éducation spéciale afin de devenir de futurs dirigeants du Japon.
Sur le chemin, il décide d'aller à son dojo, et fait la rencontre de deux filles : Yukimura Sanada et Matabei Gotô, deux samouraïs du clan Toyotomi, opposé au clan Tokugawa. Par la suite se déclenche un enchaînement de quiproquos qui l'amène à se battre contre les Ninjas du conseil disciplinaire. Et ce, jusqu'à ce qu'une lumière éblouissante apparaisse dans le ciel : une jeune femme en descend, tombe dans les bras de Muneakira, l'embrasse et se transforme ainsi en samouraï d'une puissance dévastatrice. Le premier maître samouraï est apparu, mais saura-t-il éloigner cette ombre menaçante qui plane au-dessus du Grand Japon ?
