Cette seconde saison reprend là où s'était arrêté la première.Tôru, Akari et Chaika Trabant continuent leur voyage afin de collecter les restes de l'Empereur Gaz.
Toutefois, perturbée par les révélation de Layla, Chaïka cherche à en savoir davantage sur qui elle est tout en remettant en question sa mission : n'est-elle vraiment qu'un outil ?
Pour en avoir le coeur net, elle décide de se rendre sur une île qui semble renfermer toutes les réponses à ses questions.
