La saison 2 fait suite à la saison 1. Chizuru voyage toujours aux côtés du Shinsengumi, à la recherche de son père.
Suite à la bataille de Toba-Fushimi et de la fuite du Shogun, le Shinsengumi décide de s'enfuir à Edo. Mais une fois arrivé là-bas, la guerre reprendra entre les troupes du Shogunat et celles des Sasho.
Cependant l'ère des sabres et des épées est révolue. Le Shinsengumi va donc devoir s'adapter à cette nouvelle ère où l'usage des armes à feu est de plus en plus répandue.
