Dans une région hostile du far west nommée Gun Frontier, un ancien pirate dénommé Harlock (aka Albator) et son meilleur ami Tochiro, le samouraï errant, rencontrent une mystérieuse femme, Sinonura. Ils voyagent ensemble à la recherche d'un clan d'immigrants japonais, victimes d'un massacre. Au cours de leur périple, ils défient de nombreux dangers et bandits en tout genre.
