32e film de la franchise Godzilla et tout premier à être réalisé uniquement à partir d'images de synthèse.
Suite à l'apparition de gigantesques monstres s'attaquant aux grandes villes à la toute fin du XXe S., puis de Godzilla qui à résisté à toute les attaques, l'Humanité malgré l'aide d'humanoïdes extra-terrestres perd sa suprématie sur la Terre et s'exile dans l'espace.
Un vaisseau de colonisation parti depuis plus de vingt ans en temps relatif est à cours de ressources, et sans espoir de trouver une planète habitable, retourne en orbite terrestre.
Malgré les vingts millénaires qui sont passés depuis son départ, Godzilla est toujours là.
Un jeune capitaine rebelle se lance alors dans le combat pour la reconquête de la Terre...
