Ghost in the Shell 2.0 est une version remasterisée du film Ghost in the Shell sorti en 1995. L'anime reste le même, mais a été converti au format digital et bénéficie d'un mixage 6.1 concocté en collaboration avec la Skywalker Sound division de George Lucas. La Section 9 est une unité hautement professionnelle, impliquée dans les affaires d'espionnage les plus sales. Une mystérieuse cyber-pirate pénètre les réseaux les mieux protégés. Elle est recherchée pour terrorisme, manipulation de la bourse et détournement de données. Kusanagi suspecte le ministère des affaires étrangères et surtout un programme top secret : le Projet 2501. Mais alors qu'elle enquête, Kusanagi expérimente des sentiments étranges sur sa propre humanité...