Cette saison 2 débute après les événements de la saison 1, lors du début de la nouvelle année scolaire.
Tandis que le club de natation d'Iwatobi tente, tant bien que mal, de recruter de nouveaux membres, sans grand succès, l'équipe de Samezuka accueille de nouveaux prodiges : Sôsuke Yamazaki et Momotarô Mikoshiba.
Les deux clubs, amis et rivaux, vont donc à nouveau s'affronter dans différentes courses, dont le relais 4 x 4 nages.
