Il s'agit de la seconde partie de la saison 3 de Dr. STONE. Ginrô, Kohaku et leur nouvelle alliée Amaryllis ont réussi à infiltrer le domaine du Grand Patron pour faire parvenir à Senkû, Soyuz, Gen et Suika des éléments qui leur permettront de dépétérifier leurs amis restés sur le navire... Commence alors une bataille entre le Royaume de la Science et le Royaume de la Pétrification !