Ce film compile les événements de l'arc Mystery Train (épisodes 701 à 704) et inclut des scènes-clés issues d'autres épisodes de la série TV centrées sur le personnage d'Ai Haibara. Une nouvelle scène sera également incluse à la fin et servira de transition pour le 26e film de la franchise : Le Sous-Marin Noir (Kurogane no Submarine).
