D'après le visuel et le teaser, cette nouvelle saison de D.gray-man reprendrait l'arc Alma Karma.
Depuis que Central a découvert qu'il était l'hôte du 14è Noé, Allen Walker est sous la surveillance constante d'Howard Link. Il continue toutefois son travail d'exorciste et participe régulièrement à des missions en compagnie de Yû Kanda, son rival.
A l'occasion d'une de ces missions, leur groupe est attaqué par des Noés et ils sont ramenés à la branche Nord-Américaine de l'Ordre, prise d'assaut par le Comte. Là, Allen découvre Alma Karma, un être issue de la même expérience que Kanda.