Cette saison 2 se divise en deux parties. La première adapte l'un des tomes du light novel Bungo Stray Dogs, centrée sur le passé de Dazai. La seconde partie reprend directement après la fin de la première saison.
Avant de rejoindre l'Agence, Dazai vivait une vie très différente et n'avait que deux amis proches : Sakunosuke Oda et Ango Sakaguchi. Mais des événements liés à ces hommes vont peu à peu le faire changer.