C'est l'histoire d'un jeune étudiant : Akiyuki. En route sur le chemin de l'école avec ses deux amis, une explosion a lieu. Une lumière mystérieuse jaillit, Aiyuki sera transformé en une créature appelée "Xam'd".
Le Xam'd commence à tout détruire férocement et ne sera arrêté que lorsqu'une fille au cheveux rouges, ne venant pas d'ici, apparaîtra.
