Cette seconde saison reprend la trame du manga et ignore les HS (notamment la fin) de la première saison. Elle adapte l'arc du Fujô-Ô (Roi Impur) et reprend directement après le combat contre Amaimon et le procès de Rin.
Alors que Rin apprend lentement à contrôler ses pouvoirs sous l'oeil vigilant de Shura et Yukio, un problème majeur survient : l'oeil gauche du Fujô-Ô a été dérobé ! Le groupe se rend donc à Kyôto où se trouve l'oeil droit, car de nombreux indices laissent penser qu'il est également visé par le voleur.
