L'histoire nous entraîne aux côtés de Jin-tan, Anaru, Yukiatsu, Tsuruko, Poppo et Menma, 3 jeunes filles et 3 jeunes garçons inséparables vivant à la campagne.
Malheureusement, après un accident mortel qui est arrivé à Menma, le groupe d'amis se sépare. Suite à ces évènements, chacun ont choisi un chemin différent : Anaru passe la plupart de son temps avec ses amies, Poppo rêve de voyage, Yukiatsu et Tsuruko sont dans le même lycée et restent toujours ensemble et Jin-tan est devenu un Hikikomori.
Un jour, l'esprit de Menma revient chez Jintan en été sans aucunes explications, et ne pourra partir que lorsqu'elle ira chez elle.Jintan est le seul capable de voir Menma, pensant que c'est à cause de son traumatisme dû à la disparition de cette dernière, dit alors qu'elle n'est qu'une hallucination.
Mais malgré cela, il va tout faire pour réaliser le souhait de la jeune fille disparue, et va ainsi reformer son ancien groupe d'amis.
Au départ, ils pensaient que Jintan était devenu fou, mais réaliseront que leur désir de réaliser le vœu de leur amie défunte, est bien réel et que leur ami Jintan, ne mentait pas en disant la voir et lui parler.
