Satsuki Kakeru a perdu sa soeur aînée, il y a cinq ans de cela. Depuis il tente de revenir à une vie normale, il a aussi une amie d'enfance, Minase Yuka qui va dans la même école secondaire que lui et qui depuis essaie de lui rendre sa joie d'autrefois...
Un jour, le ciel changea de couleur, il vira au rouge et la lune devint noire, tous les gens disparurent à part eux. Depuis lors, Kakeru et Yuka, luttent tous deux contre les monstres apparus à la place des gens et découvrent que six personnages seraient la cause de ce phénomène mystérieux...
