Un jour, la Terre a été attaquée par des extraterrestres. Alors que les forces aériennes d'autodéfense japonaises étaient désemparées, un être légendaire à visage humain est apparu, révélant l'existence d'une forme de vie dont personne ne soupçonnait l'existence. Quelques années plus tard, le monde est à nouveau en proie au chaos à travers une série d'attaques inexpliquées. Une nouvelle organisation nommée Marginal Service est chargée de lutter contre les crimes et méfaits impliquant ces êtres appelés les Marginaux. Elle œuvre en cachant du mieux possible leur existence parmi les hommes.
