Un nouvel ennemi apparaît, le Professeur Tomoe. Il recherche, avec l'aide de sa servante Kaorinite, des coeurs purs susceptibles de contenir les trois talismans qui lui permettraient d'obtenir le Graal. Au même moment apparaissent deux nouvelles Sailors très mystérieuses, Sailor Uranus et Sailor Neptune, elles aussi à la recherche des talismans. De son côté, Chibi-Usa se lie d'amitié avec une jeune fille à la santé fragile, Hotaru, qui s'avèrera être la fille du Professeur Tomoe, la réincarnation de Sailor Saturne mais également l'incarnation d'une Reine des forces du mal Mistress 9. Les Sailors vont donc devoir affronter le Professeur Tomoe, l'empêcher de trouver le Graal et faire disparaître les Reine des ténèbres sans faire de mal à Hotaru qui n'est pas consciente de ce qu'elle est.