La série reprend là où la saison 1 s'était arrêtée, après le retour de Kirino des États-Unis.
Depuis qu'il a découvert le secret de sa jeune sœur, Kyosuke Kosaka a découvert le monde des eroges. Forcé de constater que ces jeux ne sont pas aussi malsains que la société veut bien le faire croire, il n'en reste pas moins contre ces jeux, car il ne désire pas devenir un otaku comme sa sœur.
Mais maintenant que Kirino Kosaka est de retour chez elle, elle compte bien partager sa passion avec son frère.