Negi Sringflied, 10 ans, est un apprenti magicien à qui il reste un dernier test à passer avant de devenir un grand magicien (Magister Magi). A sa grande surprise, ce test consiste à être professeur dans une école de fille en Angleterre. Mais son arrivée agace particulièrement une de ses élèves, Asuna, car il remplace le professeur qu'elle aime. D'un autre côté, toutes les autres filles de la classe sont ravies de la venue de ce jeune professeur de 10 ans qu'elles adorent. Pour ne pas arranger les choses, Asuna découvre que Negi est magicien. Les choses feront qu'ils travailleront ensemble afin de combattre d'autres magiciens et leur relation s'améliorera doucement.