Pendant le festival d'été, il y a cinq ans, deux filles se sont rencontrées à un arbre mystérieux et ont vu deux sphères. Maintenant, ces deux filles sont choisis par les esprits des fleurs, Flappy, et les oiseaux, Clapoteux, pour restituer les Sept Fontaines et sauver leur monde nommé "Dark Autumn". Elles s'appellent Saki Hyuga qui est une as en sport (comme Rin dans "Yes ! PreCure 5" ou Nagisa dans "Futari wa Precure") et Mai Mishow qui a une certaine passion pour le dessin. Ensemble, elles vont devenir les nouvelles "Pretty Cure" !
