Cette quatrième saison démarre lorsque la Illya et ses amis sont en vacances mais celles-ci doivent subitement aller enquêter au Mont Enzô où de curieux évènement ont lieu.
Or, deux nouvelles ennemies apparaissent et kidnappent Miyu tandis que Illya se réveille à la ville Fuyuki dans un monde parallèle.
Ce monde est en réalité là où Miyu est née et là où elle a grandi.
