Les événements de cette nouvelle adaptation du manga d'Hiro Mashima reprennent là où ceux de la première série s'étaient arrêtés, c'est-à-dire à la victoire de Natsu et Gajeel face aux deux dragons slayers de Sabertooth : Sting et Rogue.
Grâce à la bravoure et à la détermination de Natsu, Fairy Tail a remporté son duel face à Sabertooth.
Rien ne semble pouvoir désormais stopper la progression spectaculaire des enfants de Makarov qui, chaque jour, donnent leur maximum pour être à nouveau sacré les n°1 du royaume de Fiore !
Expulsé hors de l'arène par son camarade Natsu lors du duel des dragoons slayers, Gajeel se retrouve coincé dans une mystérieuse caverne abritant un immense cimetière où il découvre de multiples carcasses de dragons.
Surpris par la découverte d'un tel lieu, il décide de rebrousser chemin et retourne auprès des siens pour leur en faire part.
Afin de percer les secrets de ce cimetière, Natsu et ses compagnons décident de l'explorer.
Mais le temps presse pour les fées : la phase finale du Daimatou enbu (les grands jeux magiques) est sur le point de débuter avec l'ultime épreuve : une mêlée générale où les différentes guildes qualifiées pour la phase finale s'affronteront.