L'histoire se déroule dans un futur proche. Hiro Amanokawa est un enfant de 13 ans serviable et plutôt sérieux. Il est également très curieux, ce qui le pousse à s'intéresser à un mystérieux artéfact laissé par son père : un Digivice. En le touchant, il fait la connaissance de Gammamon, qui va bouleverser son monde. En effet, depuis quelque temps, de nombreuses rumeurs évoquant des "hologrammes fantômes" circulent sur les réseaux sociaux. Après sa rencontre avec son Digimon, Hiro va régulièrement se retrouver confronté à ces créatures.