Cette série reprend les deux films sortis en 2024 en y incorporant des scènes inédites. Il y a trois ans, un énorme vaisseau extra-terrestre apparut au-dessus de la capitale japonaise. Depuis ce jour, quelque chose a changé, mais quoi ? Aucune arme, aucun arsenal n'est parvenu à écorcher le vaisseau-mère bien que ses navettes se fassent abattre régulièrement sans aucune difficultés et l'économie du Japon s'est effondrée. Le JSDF a alors été engagé afin de combattre la menace extra-terrestre dans tout le pays. Les États-Unis se sont également joint à la partie, mais d'une façon bien plus agressive, divisant alors le Japon selon le fameux article numéro 9 de la constitution. Pourtant, tout ceci pourrait n'être qu'une simple histoire de collégiens...
