Gunbuster est l'histoire de Noriko Takaya, une jeune fille qui essaie de suivre la même carrière que son père, le célèbre Amiral Yuzo Takaya. Elle doit d'abord pour cela maitriser le pilotage d'un robot Gunbuster, pour ce faire, l'aide de son Coach Ota et ses amies Kazumi et Jung lui sera précieuse. D'un autre coté, loin dans l'espace, une importante menace extraterrestre se rapproche inexorablement de la Terre.
