Il y a 11 ans, une grande catastrophe s'est abattue sur la planète Terre. Cela a provoqué la disparition des deux-tiers de la population humaine. De plus, les glaces de l'Antarctique dégelèrent ce qui fit apparaître la cité d'Atlantis et par conséquent, cela provoqua le réveil des "Fallen Angel", une race d'humains possédant des ailes sommeillant au cœur de la cité engloutie depuis 12000 ans.
Afin de protéger la planète en ruine contre les Fallen Angel, des élus possédant des pouvoirs furent réunis afin de piloter des Vector Machines, des vaisseaux de combat pouvant s'unir à 3 pour former un Aquarion.Apollo fait partie de ces jeunes élus bien qu'il ne possède par la paire d'aile qui les distingue des êtres normaux. Suite à la disparition de son meilleur ami Baron, Apollo va rejoindre ces élus afin de combattre ces mystérieux ennemis, dans l'espoir de revoir son ami sain et sauf.
