L'histoire de cette série débute 2 ans et demi après la fin du film Soukyuu no Fafner : Dead Aggressor : Heaven and Earth.
Suite au sacrifice de Misao Kurusu, Soushi est revenu sur l'île Tatsumiya et la vie a repris son cours comme autrefois.
Mais l'arrivé de la petite Emily, accompagnée par des soldats de l'Armée de l'Humanité, risque bien de perturber cette vie paisible.
