En 2012, la Terre est entré en guerre contre une race de géant extraterrestre appelé Zentradi et le genre humain à failli disparaître. Après la guerre et la réconciliation avec les Zentradis, une grande campagne de colonisation de l'espace à été mise en oeuvre afin de préserver l'humanité.
En 2059, la 55ième flotte de colonisation surnommé Macross Frontier, avec à sa tête le 25ième vaisseau de classe New-Macross, continue son voyage vers le centre de la galaxie. Sheryl Nome, chanteuse surnommée la "Fée Galactique", arrive sur Frontier pour un concert très attendue, notamment par Ranka qui est une grande fan. Alto, Michael et Luca, tout les trois élèves pilotes de valkyries, sont embauchés pour ce fameux concert. Tout se passe pour le mieux lorsque tout à coup des aliens surgissent de la ceinture d'astéroïdes proche et attaquent la colonie.
