L'histoire se déroule sur Terre en l'an 2025, bien après "Kokyo Shihen Eureka Seven".Ao Fukai est un jeune garçon de 13 ans qui vit sur l'île d'Iwato Jima dans l'état indépendant d'Okinawa avec le docteur Toshio Fukai.
Alors qu'une société militaire privé nommée "Génération Blue" attaque un Scub Coral apparu sur l'île, il se retrouve mêlé au combat et est contraint d'activer un étrange robot géant transporté par l'Armée japonaise, baptisé "Nirvash". En même temps, Ao part à la recherche de sa mère et de ses mystérieuses origines...
