Année 1614, ère d'Edo, deux clans ninja légendaires Koga et Iga, ennemis depuis 400 ans s'affronte, chacun supportant un des deux fils du shogun Tokugawa Ieyasu. En effet, celui-ci a décidé que celui de ses deux fils qui lui succèdera sera désigné par l'issue de la confrontation des deux clans. Chaque clan est composé de 10 guerriers très puissants, chacun ayant sa propre technique de combat. Deux clans ninja légendaires Koga et Iga se livrent donc une bataille à mort pour la possession d'un scroll, le vainqueur bénéficiant du support du gouvernement Tokugawa pour les 100 prochaines années.
Au milieu de ce combat se trouve des descendants des familles Koga et Iga : Koga Gennosuke et Iga Oboro, amoureux l'un de l'autre mais de clans ennemis.
