Douze mille ans après les événements de la Genesis of Aquarion, l'humanité sur la planète Vega est menacée par un nouvel ennemi de la planète Altair dont la population féminine a été anéantie par une mystérieuse maladie. Les Alteans en utilisant leurs "ravisseurs", envahissent les villes de Vega et kidnappent ses habitants à la recherche des femmes assez fortes pour survivre à la course inter-dimensionnelle du retour d'Altair
Pour se défendre contre l'invasion, le Neo-DEAVA organisation établit deux équipes, l'une composée d'hommes seulement et l'autre de femmes, chacun pilotent leurs propres machines géantes appelées "Aquaria". Afin de protéger sa nouvelle amie Mikono, Amata Sora utilise son pouvoir dont il avait gardé dans le secret toute sa vie. Il va combiner les pilotes Vector avec son ami dans un seul robot, l'Aquarion géant légendaire va renaître une fois de plus.
